やるべきことの総括 今週の成果：学会参加報告書、論文要旨の作成。 来週の予定：生物ゼミの準備をしつつ、学会で扱ったネタの詳細に取り掛かる。 自信を持ってはっきりと言い切れないのがつらいところ。多少手法を簡略化しても同じ傾向が出るならよかったの…

例の仕組みのバグを取ったり調整したりやり切れなかったり。 しかし本業は進まず…*1。 目的を持たず闇雲にデータを取ったところで…（ｒｙ *1:正直、どう進めていいか迷う

荒業によって何故か例の仕組み完成。一応これでひとまず放置＋ようやく本業に戻れそう…。 改良点はまだ山のようにあるが、改良したくなるほど使わない可能性大。 何となく分かった、自分は多分プログラマーには向いていないと…。*1 *1:今更何を言うかという…

早いところ例の仕組みを用意しないとまずいです。 全然本業じゃないところで引っかかるのが（ｒｙ 仕組みを用意した後の、自動判定のための基準とかそういうものも（ｒｙ 手動だとあまりにも恣意的過ぎて（ｒｙ

「見るも無残なアラインメント」 タイトル通り。よく見ると無残。 適当に閾値を設けて篩にかけたら、ごっそり無くなってしまいそうなくらい無残。 無残でないものだけ見るとしても（ｒｙ

青紫、赤紫、淡黄、若緑そして灰白 このグラフを見る限りでは「生まれつき」説を支持したくなる…が、元々が空白であらかた薄まっていることを忘れてはいけない。

退避から復帰（謎）したので、書きかけのスクリプトを書き上げ＋同様のものを2つ追加。 一つ目に一番手こずる。やけに面倒だと思っていたら、やってることの複雑さが「最初に手をつけた課題」＞＞＞＞「その次に取り掛かった課題」＞「最後の課題」の順だっ…

expo(not 万博) どうしても数字が合わない。というより明らかにおかしい。スクリプトのバグか、もしくは自分の頭のバグ*1か。いずれにせよ正さなければ何も出ない。 *1:今、何となくハゲと読めた（関係無い）

そろそろ要旨を書かないとまずいです。 とりあえず6文字書いた（爆）*1 たまにはそれ以外の書き出しも試してみたい気がする。*2 まだしっかりはっきりした色々を申し述べられるほど詰められてない*3ものの、大枠は多分変わらないはずなのでその辺で。 課題が…

熱でうなされる時の 昨日はほぼ終日寝て過ごしたのですが、 何度か（時間を確認するために）体を起こす事があり、 その度に “alignment” という単語が浮かんで仕方がありませんでした。 今朝も、2時に一度起きた後*1、また7時まで寝ていたのですが、 目を覚…

28日夜から始めた作業が終了。 …前回数週間かかったのが嘘のようです。信じられません。早過ぎです。 まあ…その代償と言いますか何と言いますか、 ここ3日間くらい、朝から晩まで研究室にいながらほとんど誰とも喋っていない訳ですが（ｒｙ

漸く一段落ついて、より詳細な色々を進められそうなフェイズに。*1 その「詳細」のためにも、今年の1月頃やっていた、例の淡々とした作業をまたやることに。範囲を拡大したので作業量も増大。 ちなみにこの前の作業は（日記によると）数週間かかった模様。*2…

残基が表面に出ているか、埋もれているかの計算の仕方を教わる。 最初ややこしい予感がしたが、実は簡単でびっくり。 ついでに、今の今まで計算方法を知らなかった自分自身にもびっくり。 ある意味基本的なことを、今の今まで華麗にスルーしてきた*1と、そう…

とりあえずPAM風味なものを生成してみようとするテスト。 比率とか出してみたりとか。 どうアレンジしていいか分からないデータも、何とか使えないかちょっと考えてみる。 あといい加減上位の階層についても色々やらないと駄目です。 …つまらないエントリー…

正直言って、頭の中と作業そのものが複雑かつ混乱していて全然進みません。 無論、某振興会（笑）の「エントリーシート」も。 にしても、『とっても楽しみな』自己評価書*1…ですが。 エントリーシート書くみたいにふわふわのさくさくっと（枠が溢れるくらい…

じわじわと進めてはいるものの、「どう整理すればいいか」「整理した後、何をどうする気なのか」の辺りでいろいろ考え中。 実に当たり前の事ですが、表としてきれいに整理できていても、グラフや統計処理によって「物を言」ってくれないと困る訳で…。 複雑な…

さて…いい加減、某「エントリーシート」*1を書かないとまずい時期になりましたよ。 まだ書いてませんでしたよ、ええ。これから調べ物*2開始ですよ。 自己評価の注の2番目、特に優れた学業成績はまだいいとしても、飛び級や留学や受賞歴って、そうそう無いと…

さりげなくやり直しに取り組んでおりました。 最後の最後まで行って行き詰ってしまった以上、仕方ない訳で…。 そうして本日、ようやくやり直しが完了して何かが出てきましたが…これをどうしろと（ｒｙ やっぱり、データが少なすぎる気がする…。 傾向を見るに…

とりあえずいろいろ出ていて、いろいろ見ようとしている真っ最中。 とりあえず教官に突然今どんな感じかと問われたので、てれてれてー*1と答えてみる。*2 「とりあえずやってみる」所までは踏み出せないのは生来の臆病のなせる業かそれとも（ｒｙ とりあえず…

近況をメモしてみる。 ひたすらバグを取ってみる。 あまり考えないで（その場の思いつきで）出力の書式等決めているので、今更不具合が頻発。やっぱり最初にもう少し考えるべきですよ、はい…。*1 かき集めてまとめる作業に入りたいところ。 Excelのマクロ*2…

言葉にすると非常に簡単、コードにすると非常に複雑。*1 やっと二要素とも第一段階が終了。 片方は第二段階の途中で番号問題に（ｒｙ もう片方には多分特に大きな問題はないと…思いたい…。 *1:よくあるパターン。人間には簡単に思える＝人間様は無意識のうち…

要素（とそれに対する操作）が三つ。*1それら三つに対する前段階的な操作が一つあり、それら三つを総合する過程が後にいくつか存在していて…。 …何となく並行して進めてると混乱しそうだ…。 最後にまとめる過程があるのがまだ救い。*2 「異なる二つのスクリ…

実は思っていたのと別の場所が面倒らしき事を発見。やる事は変わらないけども。 見通しが悪いまま複雑な作業をこなしていくのと、見通しをよくするためにまず複雑な処理を行う、さてどっちが（ｒｙ まあ後者の方が効率よさそうではあるけども、一応。 Rubyに…

…些細な工夫で見通しが素晴らしく良くなった気がするのは、多分まだ一番重要な要素を加味してないせいだと（ｒｙ 並行して他のものも書いてみる（こっちの方が面倒）

先生からの提案の通り、あの二つを上手い事結びつけるのが良さそう。 後でもう一つ足せばそれなりにいいものが出来そうな。 前からそうだが、手間を惜しむ所とそのやり方が上手くないことが多い。また、一部の分野では、手出しの仕方が分からない*1部分が多…

実は大いに無駄な事をしていたのかもしれない、が、結局全部やる事になるんだからどうせ同じなのだ（と自分に言い聞かせる）。 例のpileは20%完了で一山。しかしこれからがもっと（ｒｙ＋大体の感触は分かっても、雑談めいた事しか言えないのは問題。 なんと…

はかどっているか否かと言われたらどう考えても後者なんだろう、と思わず白い天井を仰ぎながら空が恋しい振りをしてみせるゼミのない金曜の夕方。 全体の5分の1にあたる山の4分の1を見終わりました…要はたったの20分の1、5%ってことですね…はい…。 後に行け…

Sleipnirの検索バーに、某構造分類＆その他もろもろサーバ二つのアドレスを装備（？）させる*1。これで検索窓にPDBIDを投げるだけでページ一発表示。仕事はかどる事間違いなし。*2 Swiss-ProtとかPDBは割とメジャーなのでSleipnirの「検索エンジン一覧生成ス…

ひたすら（ｒｙ 考え事をしながら出来る作業、出来ない作業…。 そして金曜の統計ゼミの準備は放置されるのだった…*1 *1:まずい、まずすぎる

とりあえず大量の「何か*1」を入手したので、それをひたすら捌き裁かれる日々を送らねば。しばらく*2スクリプトとは（ｒｙ それにしてもRubyは良い。物自体はまだ両手で数えられる程度の個数しか書いてないものの、ひしひしとその有難さが伝わってくるような…